長峰智希（ながみね ともき）是就读于風見坂学園的2年级学生。 因为父母在海外工作的关系，他寄宿在青梅竹马深菜川夕阳(深菜川夕陽)的家里。 平稳的校园生活中，图书委员会的工作，以及帮忙夕阳家作为生计的咖啡店『夕顔亭』，成了他放学后的日常。
就在这样的某一天。 被憧憬的前辈兼图书委员长绫濑纱雪(綾瀬紗雪)推荐了一本书，他顺道去了位于商店街尽头的旧书店『風鈴堂』。 不出智希所料，破旧的店面与店内十分协调。带着湿气的空气、脏得发黑的书架、积满灰尘的无数书籍。 即便如此，觉得马上离开店里也不太好，于是决定寻找目标的那本书。 环顾店内时，无意间一本书映入了眼帘。 书脊上写着『your diary』的陈旧书籍。不可思议地对那本书产生了兴趣，拿在手里，缓缓翻开封面—— 伴随着温暖的光芒，一个女孩子跳了出来。
“你是由亚(ゆあ)的新朋友吗？” 以与自称是神明的不可思议少女·由亚的相遇为契机，围绕在智希身边的3个女孩们，停滞的命运开始转动。 伴随着纯白的一册日记本——
